Una las toponimias de Natales es que en el año 1894 los pioneros alemanes Ernesto von Heinz y Kurt Meyer denominaron como Natalis al río que desemboca en la parte norte de la actual ciudad. Esto debido a que el avistamiento del río se produjo el 24 de diciembre en vísperas de la conmemoración del nacimiento de Cristo. De allí Natalis, esto es nacimiento en latín.1
Remontándonos a la historia, el lugar donde hoy se ubica la ciudad de Puerto Natales, puntualmente el seno de Última Esperanza, originalmente habitado por tribus kawéskar y aonikenk, fue recorrido en 1557 por el navegante Juan Ladrillero en búsqueda de una ruta al Estrecho de Magallanes.
Pasaron tres siglos desde el descubrimiento de Ladrillero antes que se incursionara nuevamente en la zona de Última Esperanza. Hacia 1830, la expedición de la fragata HMS Beagle, enviada por el almirantazgo británico, explora todo el sector descubierto por Ladrillero. Los nombres de algunos integrantes de esa expedición son hoy familiares en la zona: Robert Fitz Roy, William Skyring, James Kirke y el naturalista Charles Darwin. Hacia 1870, nuevamente renace el interés por las tierras de Última Esperanza.
En 1877 la zona de Última Esperanza fue recorrida por don Tomás Rogers, expedición con fines científicos. Años más tarde, el gobierno comisionó al capitán de fragata Ramón Serrano Montaner para penetrar más profundamente en los territorios descubiertos por Ladrillero y ratificados tanto por los baqueanos como por la expedición de Rogers. Serrano inició su exploración en 1889, descubriendo los lagos que bautizó como Balmaceda y Pinto. En su viaje alcanzó hasta el lago Toro y descubrió su desagüe en un gran río que más tarde se llamaría, en su honor, río Serrano. En 1892, las noticias sobre la calidad y cantidad de los territorios ubicados al norte de Punta Arenas comenzaron a interesar a personas que deseaban explotarlos. Finalizadas las expediciones de reconocimiento, un ex-capitán de la marina mercante alemana, Hermann Eberhard, decide establecerse en esta zona y solicita permiso para adentrarse en el sector de Última Esperanza. Tras haber sido otorgado el permiso por don Manuel Señoret, gobernador del Territorio de Magallanes, en el año 1893 comienza la colonización de la provincia.
A Eberhard se sumaron Stubenrauch, Kark, Carpenter, Tweedie, Otten y muchos otros colonos ingleses y alemanes principalmente. Así nacen Puerto Consuelo, Puerto Cóndor y Puerto Bories este último a 5 km al noroeste de Puerto Natales.
La actividad que atrajo a todos estos colonos fue la ganadería ovina y bovina, principal actividad económica de la región. En el año 1904 Rodolfo Stubenrauch construyó un hotel y un almacén en las cercanías del ahora Río Natales, pasando a ser un importante punto de tráfico. Esto hizo que el Ministerio de RR.EE. y Colonización dictara el decreto supremo nº995 de 18 de mayo de 1906, para que se reservasen 200 hectáreas junto a la desembocadura del río, con el fin de formar una población. Así fueron llegando a la zona inmigrantes como el español José Iglesias, quienes contribuyeron al desarrollo de este poblado.
Finalmente, el 31 de mayo de 1911 fue fundada oficialmente por S.E. Ramón Barros Luco la ciudad de Puerto Natales:
Tras la fundación de este pequeño poblado en el sur austral de Chile, transcurrido un par de años, se crea el recordado Frigorífico de Puerto Bories, por la Sociedad Explotadora de Tierra del Fuego (SETF), con ello se abrieron muchas posibilidades de trabajo, no sólo en las diversas instalaciones sino también en las estancias aledañas. Así fueron llegando colonos desde la Isla Grande de Chiloé, aumentando rápidamente el número de habitantes del pequeño poblado.
Tanto para que los obreros se movilizaran como para el movimiento de carga, la SETF construyó dos ferrocarriles entre Puerto Bories y Puerto Natales. El tren inició sus servicios a comienzos del año 1915.
En 1917 la Compañía Frigorífica de Puerto Natales funda el Frigorífico de Puerto Natales, el cual daba vida y trabajo al puerto, al que recalaban buques mercantes los cuales llevaban a Europa la carne de ovino y vacuno. Tenía secciones especiales para la elaboración y además contaba con un muelle propio y línea ferroviaria desde sus mismas cámaras a los embarques.
Actualmente, a este puerto llegan las embarcaciones desde Puerto Montt que conectan el territorio de Magallanes con el resto del país, debido a que aún no existe una unión por vía terrestre entre Aysén y esta zona en el territorio chileno.
Durante la primera mitad del siglo XX, la actividad principal fue la ganadería. Como consecuencia de la Reforma Agraria, aprobada bajo el gobierno de don Eduardo Frei Montalva, la actividad disminuyó al procederse a expropiar las grandes extensiones que ocupaban las estancias de la región.
La gente que perdió su trabajo comenzó a trabajar en los Yacimientos carboníferos de la localidad argentina de Río Turbio, hecho que se mantuvo hasta la primera mitad de la década del 80.
Sin embargo, la actividad que siempre se ha mantenido es la pesca y la extracción de mariscos, lo que presumiblemente alcanza a un 25% de personas que trabajan y/o viven de esta milenaria actividad.
Siendo hoy, para Natales y su economía, el turismo como otro punto fuerte de desarrollo, ya que la capital de Última Esperanza es, sin duda, puerta de entrada para las expediciones turísticas al Parque Nacional Torres del Paine, conocido mundialmente por su belleza. También está el Monumento Natural Cueva del Milodón, antiguo hogar de un mamífero que superaba los 3 metros de altura y que era herbívoro además de la presencia en la antigüedad del tigre dientes de sable o más conocido como Smilodon.
Según datos recogidos en el último Censo realizado en Chile en el 2002 la población de Natales era de 16.978 habitantes, lo cual hoy se estima (2010) en unos 19.319 persona, lo que denota que la población crece levemente, pero de modo constante.
